Большасць ксяндзоў падтрымлівала паўстанне, многія прымалі удзел у яго арганізацыі. Актыўны іх удзел быў натуральным працягам удзелу ў маніфестацыях перад паўстаннем 1861 года i патрыятычных змовах. Святары адпраўлялі св. імшы за Айчыну, маліліся за забітых у маніфестацыях, з аказіі нацыянальных i патрыятычных гадавін. Такія маніфестацыі адбываліся ў Вільні i ў іншых парафіях дыяцэзіі.
Рэха паўстання хутка дайшло ў нашыя мясціны. Ужо ў першай палове лютага 1863 г. у Лідскім павеце дзейнічаў партызанскі аддзел Людвіка Нарбута, а найбольш напружаная барацьба паўстанцаў ў Беларусі і Літве назіраецца вясной. Удзел ксяндзоў у паўстанні ішоў у некалькіх кірунках: пастырская апека ў паўстанчых аддзелах (як капеланы), паўстанчая адміністрацыя, абвяшчэнне распараджэнняў паўстанчых уладаў, патрыятычныя казаннні i праца на карысць паўстання сярод жыхароў, а таксама непасрэдны ўдзел у паўстанні са зброяй у руках.
Асаблівае значэнне мела пастырская апека ксяндзоў над аддзелам. Прысутнасць святара ў аддзеле падымала дух змагароў, часта яна надавала ўсяму руху рэлігійны характар, стараючыся давесці, што высілак i axвяры недарэмныя. Паўстанцы яшчэ больш пераконваліся, што змагаюцца за слушную справу. Часцей за ўсё гэта былі святары, якія прыязджалі на якісьці час у аддзел i тады яны ажыццяўлялі святыя сакраманты, прымалі прысягі ў паўстанцаў, а таксама хавалі памерлых, забітых у сутычках. За святарскую паслугу паўстанцам ксяндзам прыйшлося заплаціць турмой, ссылкамі i не раз смерцю.
Не ўсе духоуныя асобы Віленскай дыяцэзіі падтрымлівалі паўстанне. Некаторыя былі настроены супраць яго, таму што не бачылі ў гэтай барацьбе шанцаў на перамогу. Былі i такія, якія выслужваліся перад царскімі ўладамі.
За ўдзел i ўсякую дапамогу паўстанцам царскія ўлады жорстка каралі людзей. Асабліва праславіўся ў гэтым плане генералгубернатар Міхаіл Мураўёў, які з траўня 1863 года да красавіка 1865 года люта душыў Літву i Беларусь. За сваю дзейнасць "по усмирению польского восстания" ён атрымаў мянушку "Вешальнік".
Бязлітасныя кары прымяняў ён і ў адносінах да духавенства: пакаранне смерцю, катарга, ссылка ў далёкія сібірскія губерні, пазбаўленне правоў, у тым ліку святарскай годнасці, канфіскацыя маёмасці, турмы i грашовае пакаранне.
У ліку першых пакаранне смерцю атрымаў ксёндз Станіслаў Ішора, вікары з парафіі ў Жалудку (Лідскі дэканат). 8 сакавіка 1863 года аддзел Нарбута прыбыў у Жалудок. Ксёндз прачытаў у касцёле паўстанчы маніфест i згадзіўся бьщь капеланам. Калі пасадзілі ў турму пробашча, ксяндза Юзафа Ясінскага, вікары 6 лютага 1863 г. прыбыў у Ліду і па загаду каменданта горада палкоўніка Казаніна быў арыштаваны. Ксёндз Ішора сам здаўся ўладам, дамагаючыся вызвалення нявіннага пробашча. Ён быў асуджаны ў Вільні на 5 гадоў катаргі, нягледзячы на амністыю, тых, хто сам здасца ўладам. Генерал-губернатар Назімаў змякчыў пакаранне да 5 гадоў высылкі. На няшчасце, 26 траўня ў Вільню прыбыў новы генерал-губернатар Міхаіл Мураўёў i замяніў прыгавор карай смерці. 3 чэрвеня (22.05) 1863 года ксёндз Ішора быў расстраляны на Лукішках, як першая ахвяра Мураўёва ў Вільні. Сведкі пакарання смерцю ўспаміналі, што святар звярнуўся да натоўпу з такімі словамі: "Трымацца i не падаць духам. Мы паміраем, а вам перадаём далейшыя лёсы Айчыны".
4 чэрвеня 1933 г. у касцёле св. Якуба ў Вільні была пасвенчана мемарыяльная дошка памяці ксяндза з такім надпісам: "S. p. ks. Stanislaw Iszora, urodzony w Wilnie 12 kw. 1838 r., wikarjusz w Zoludku, kaplan bohater za sprawe Kosciola i Narodu, stracony w Wilnie na Lukiszkach 3 czrw. 1863 r. Czesc jego pamieci." ("С. п. кс. Станіслаў Ішора, народжаны ў Вільні 12 крас. 1838 г., вікары ў Жалудку, каплан-герой за справу касцёла і народу, страчаны ў Вільні на Лукішках 3 чэрв. 1863 г. Слава яго памяці")
Mypaўёу замяніў таксама ксяндзу Раймунду Зямацкаму, пробашчу парафіі Ваверка (Лідскі дэканат) прыгавор, які асуджаў яго на цяжкія працы, смяротнай карай праз расстрэл. Гэты святар таксама прачытаў у касцёле паўстанчы маніфест, быў арыштаваны 15 лютага 1863 г., высланы ў Ліду, адтуль у Вільню, дзе i быў расстраляны таксама на Лукішках праз два дні пасля ксяндза Ішоры, а таму 5 чэрвеня (24.05).
23 ліпеня 1933 г. на касцёле св. Рафала ў Вільні адкрыта памятная дошка памяці ксяндза: "S. P. Ks. Rajmund Ziemacki, ur. w Losku 19 wrzesnia 1810 r. Uczestnik powstania 1831 r. Wikarjusz parafji sw. Rafala w Wilnie, nastepnie proboszcz w Wawiorce, powiatu Lidzkiego, Kaplan-Bohater, zginal smiercia meczeсska, rozstrzelany na placu Lukiskim w Wilnie 5 czerwca 1863 r." ("С. п. кс. Раймунд Зямацкагі, нар. у Лоску 19 верасня 1810 г. Удзельнік паўстання 1831 г. Вікары парафіі св. Рафала ў Вільні, пазней пробашч у Ваверцы, Лідскага павету, каплан-герой, загінуў смерцю пакутніка, расстраляны на пляцы Лукішкі ў Вільні 5 чэрвеня 1863 г.")
Трэці святар Адам Фалькоўскі, пробашч Ішчолны, прачытаў паўстанчы маніфест i заклікаў сялян да паўстання. Арыштаваны 2 сакавіка 1863г. i высланы з Ліды ў Вільню. Ён быў расстраляны ў Лідзе 24 (13) чэрвеня. Так пра гэтую падзею піша ксёндз-дэкан Іпаліт Баярунец: "У 6 гадзін раніцы ксёндз Адам Фалькоўскі iшoў на месца пакарання смерцю сканцэнтраваны i чытаў малітвы з трэбніка. Яго прывялі з лідскай турмы на месца, дзе быў выкапаны дол i падрыхтавана свежая вапна ў вялікай бочцы. Яму быў прачытаны прыгавор аб смерці, потым прывязалі да слупа i завязалі вочы.
Пачуўся залп з казацкіх карабінаў. Мёртвы ксёндз абвіс, потым расстралянага адвязалі i цела укінулі ў дол без труны i залілі вапнай. Магіла была закопана, эскадрон казакаў на конях зацёр усякі след магілы".
3 траўня 1919 года магіла была адноўлена, а чыгуначнікі паставілі на ёй крыж. Ў метрычнай кнізе Лідскай фары з l студзеня 1861 г. па 18 кастрычніка 1871 г. на старонцы 50 запісаны акт № 85: "1863 г. июня 13 дня в г. Лида скончался ксёндз Адам Фальковский, администратор ишчолнского косцёла, был причащён св. таинством ксёндз Адам Фальковский, имевший от роду лет 51, настоятель Ишчолнского костёла. Тело его похоронено за г. Лидой при дороге до Крупы".
Мураўёў хацеў стэрарызаваць святарства i грамадства. Можна дапусціць, што смерць гэтых святароў, асабліва двух першых, была помстай Мураўёва віленскаму біскупу за тое, што той не асудзіў паўстанцаў.
Да смерці прыгаварылі таксама ксяндза Яна Кажанёўскага, вікарыя з Новага Двара. Ён таксама прачытаў у касцёле паўстанчы маніфест. Генерал-губернатар Назімаў выступіў, аднак, да цара з просьбай аб замене пакарання смерцю i атрымаў дазвол на кару 12 гадоў катаргі ў шахтах i пазбаўленне духоўнай годнасці. Ксяндзу пашчасціла, што яго выслалі з Вільні ў Табольскую губернію перад прыездам Мураўёва.
Чарговы род рэпрэсій - гэга катарга, якая была тэрміновай i бестэрміновай. Страшнымі пакутамі катаржнікаў былі кайданы, з якімі асуджаныя вымушаны былі цяжка працаваць.
Апрача ўпамянутага ўжо ксяндза Кажанёўскага яго сусед, пробашч з парафіі Васілішкі ксёндз Сырвід Ануфры, быў пакараны за прачытанне маніфесту 12 гадамі катаргі ў шахтах Тамбоўскай губерніі (Антоні Гжымала-Пшыбытка ў "Ziemi Lidzkiej" № 1 за 1937 г. сцвярджае, што гэта менавіта ксёндз Сырвід быў памілаваны па просьбе жонкі губернатара Патапава, ў дзявоцтве княжны Абаленскай).
Ксяндза Рамуальда Скібінскага, пробашча парафіі Дзембрава, пакаралі васьмігадовай катаргай у сібірскіх фабрыках. Асуджаных на смерць ці на катаргу пазбаўлялі таксама святарскай годнасці.
Трэба тут успомніць таксама ксяндза Юзафа Гарбачэўскага, вікарыя з Эйшышак, які ваяваў у аддзеле Нарбута, і далейшы яго лёс цяжка прасачыць.
У рамках рэпрэсій пасля студзенскага паўстання на самой толькі лідскай зямлі трох святароў пакаралі смерцю, а чацвёртаму вырак смерці замянілі катаргай